Život ve městě - to jsou i církve. Ve Mšeně působí již po mnoho staletí dvě - církev římskokatolická, jíž patří i hlavní dominanta Mšena - kostel sv. Martina na náměstí a církev českobratrská evangelická, která působí v kostele v blízkosti Domova seniorů. Letité soupeření těchto církví mělo v dějinách i velmi dramatické podoby a výrazně ovlivnilo i historii Mšena. Dnes však nažívají, spolu s mnoha dalšími "novými" církvemi, v relativní harmonii a spojuje je i postupný úbytek věřících a nedostatek finančních prostředků na obnovu zchátralých kostelů. Po dlouhém období totality, která věřícím rozhodně nebyla nakloněna, je tu opět prostor pro jejich působení a snad i jejich přičiněním se podaří navrátit význam skutečných hodnot do vědomí dnešní společnosti.
Působení církví zanechalo také výrazné stopy v krajině. Kromě celé řady architektonicky cenných kostelů jsou to i drobné sakrální stavby - kapličky, kostelíky, boží muka, kříže, které po staletí dotvářely ráz naší země. Dnes jich je většina v zuboženém stavu a nezbývá než doufat, že spojeným úsilím církví a světské sféry se je podaří zachránit a obnovit. Tomuto úsilí se věnuje v našem kraji například občanské sdružení Pšovka a také město Mšeno.